港鐵宣佈合併後，全線可獲減價。但是港鐵在取消新巴 701，702 免費轉乘優惠後，西鐵線變相加價。
在港鐵合併前，以八達通或西鐵全月通乘搭西鐵的新界西乘客，可以免費轉乘來往以下地區：
- 南昌站 – 深水埗，長沙灣，太子，旺角地區。
- 荃灣西站 – 荃灣，葵興，葵芳地區。
- 美孚站 – 荔枝角地區。
但在合併後，港鐵收費分式並不統一，部份站數較多中短程則當作來往同區來收費，但長程來往相同地區內不同車站，反而以站數多少來作收費標準。
以八達通或西鐵全月通乘搭西鐵的新界西乘客，必需在美孚站轉乘荃灣線來往荃灣至旺角地區，並需要多付 $3.6 – $5.4 不等，以站數多少方式收費而變相加價。
反而荃灣西來往荃灣／大窩口（5-6個站）和荃灣來往大窩口（1個站），南昌站來往旺角至荔枝角（2-6個站），則採取同區收費，同樣收 $3.6。
港鐵在西鐵線定價上出現問題，此舉將可能會令西鐵線乘客前往九龍的乘客量大幅減少，只餘下前往港島區的乘客量。
